Hontoba se halla en el fondo del profundo valle que forma el arroyo de San Sebastián,uno de los afluentes del río Tajuña, y a los pies de la cárcava en cuya cima se halla la antiquísima ermita de Nuestra Señora de los Llanos, patrona de la villa.

Su término municipal limita con los de Aranzuque, Renera, Hueva, Escopete, Escariche y Loranca de Tajuña.